三周目的开启需要完成二周目的全部主线剧情并满足特定条件。首先确保已击败关东地区的八大道馆馆主并战胜四天王及冠军，随后需完成七之岛的全部任务链，包括解决火箭队残余势力事件和收集宝石任务。关键触发点是返回真新镇与大木博士对话，他会根据你的图鉴完成度评估是否具备开启三周目的资格。若图鉴收录数量达到60种博士会赠送全国图鉴，游戏将自动进入三周目阶段。
三周目的核心内容围绕全国图鉴展开，玩家可捕捉前代无法遇到的精灵，包括部分需要通过通信进化的种类。地图中新增的隐藏区域如华蓝洞窟和边境小岛会解锁，超梦、急冻鸟等传说宝可梦的捕捉成为可能。需部分特殊精灵的遭遇需要先完成特定事件，例如华蓝洞窟的超梦需在获得彩虹徽章后，洞内障碍才会消失。三周目的训练师等级普遍提升10-15级，建议队伍平均等级达到65以上再挑战新增的精英训练家。
游戏机制方面，三周目继承二周目的所有道具和精灵，但关键剧情道具如船票、宝石等会被重置。对战设施如战斗塔和训练师之塔会更新更强大的对手阵容，其中训练师之塔新增的第七层会出现携带准神兽的对手。通信功能在此阶段尤为重要，部分精灵进化需要通过联机交换实现，且游戏内NPC会主动提出交换特定精灵的请求。
关于隐藏要素，三周目新增的梦幻事件需要持有古老海图并乘船至边境小岛，该道具可通过完成枯叶市港口某NPC的连续任务获得。游戏内时间系统会影响部分精灵的出现概率，例如周五夜晚的幽灵塔会出现更高等级的鬼斯通。建议定期检查各城镇NPC的对话变化，部分角色会赠送稀有道具如大师球或技能机器。
最终进度推进建议优先完成图鉴收录，当全国图鉴完成度超过150种时，大木博士会升级玩家的训练师卡片星级。三周目没有明确的结局节点，但击败所有新增的传奇训练师后，可解锁对战开拓区的隐藏挑战模式，该模式包含连续21场的车轮战，胜利后可获得金色徽章作为终极奖励。
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